Der im 7./8. Jahrhundert endgültig gegründete Ort wird urkundlich erstmals 1239 als Swabenhusen erwähnt. Schwabhausen gehörte zur Herrschaft Boxberg: seit 1287 dem Johanniterorden, seit 1381 den Rittern von Rosenberg, ab 1561 zur Kurpfalz, ab 1803 zum Fürstentum Leiningen, ab 1806 zum Großherzogtum Baden. Seit 1561 war das Dorf dem Oberamt bzw. Bezirksamt Boxberg unterstellt, solange dieses bestand. Seit 1924 gehört die Gemeinde zum Amtsbezirk bzw. Landkreis Tauberbischofsheim (heute Main-Tauber-Kreis). Seit 1973 bildet Schwabhausen einen der 13 Teilorte der Stadt Boxberg (Gesamtbevölkerung 1996: 7257 Einwohner).Landwirtschaft und Viehzucht hatten und haben im überwiegend evangelischen Schwabhausen einen hohen Stellenwert. 1887 wurde hier die erste Viehzuchtgenossenschaft Nordbadens gegründet. 1987 vereitelte die Bürgerinitiative Bundschuh nach zehnjährigem Ringen durch eine aufsehenerregende Verfassungsbeschwerde beim Bundesverfassungsgericht in Karlsruhe die großräumige Enteignung von Feldern für eine große Autoteststrecke der Firma Daimler-Benz. Heute ist Schwabhausen eine, wenn nicht sogar die süddeutsche Hochburg des Öko-Landhaus: Über 80% der Gemarkung werden biologisch, meist biologisch-dynamisch (Warenzeichen: Demeter) bewirtschaftet; Hauptspezialität: die Grünkern- und Dinkelerzeugung.